Hallo geronimo,
Sonderregelungen für den Fall der Inanspruchnahme von Elternzeit während eines laufenden Altersteilzeitvertrages gibt es leider nicht. Soweit dem Elterngeldbezug eine entsprechende volle Freistellung/Beurlaubung zugrunde liegt, würden hier die gleichen Regelungen wie bei unbezahltem Urlaub greifen. Die von Ihnen skizzierte Problematik würde also aus meiner Sicht auch bei entsprechender Inanspruchnahme von Elternzeit entstehen.
Das einschlägige Rundschreiben der Spitzenverbände der Sozialversicherungsträger zur Altersteilzeit finden Sie übrigens hier:
https://www.aok-business.de/fileadmin/user_upload/global/Fachthemen/Rundschreiben/2010/rds_20101102_Altersteilzeit.pdf